Depuis 2008, la Faculté de Théologie de Lyon, à la requête de la Congrégation pour l'Éducation catholique, a mis en oeuvre avec les autres facultés de théologie de France le cursus prévu par la constitution apostolique Sapientia christiana.
Le nombre d'années requises pour le premier cycle de théologie (baccalauréat canonique, aussi appelé en France licence) est donc de cinq années, comprenant une réelle formation en philosophie.
Le cursus est organisé en deux modules : Module Fondamental 1 (2 ans ou 120 crédits européens) et Module Fondamental 2 (3 ans ou 180 crédits européens). Ces deux modules sont nécessaires pour obtenir le baccalauréat canonique.
